La Silla de Felipe II está situada dentro del espacio natural protegido del monte de La Herrería y el Pinar de Abantos , a unos 2,5 km al sur del núcleo urbano sanlorentino. Muy cerca de su enclave, se encuentran la finca de Los Ermitaños y la ermita de la Virgen de Gracia.
Se ubica en el llamado Circo de El Escorial, concretamente, en la falda septentrional de la Machota Alta (1.466 m de altitud), que, junto con la Machota Baja (1.410 m), conforma el monte-isla de Las Machotas, perteneciente a la Sierra de Guadarrama.
Se trata de una de las atracciones turísticas más visitadas del Real Sitio de San Lorenzo de El Escorial, dada su condición de mirador del monasterio y de la práctica totalidad del Circo de El Escorial. A sus pies se extiende el bosque de La Herrería, integrado en su mayor parte por robles, si bien existen otras especies arbóreas, como el arce de Montpellier, el cerezo silvestre, el tilo y el castaño.
Un ejemplar de arce de Montpellier, situado en el propio recinto de la Silla de Felipe II, está catalogado como Árbol Singular por la Comunidad de Madrid. Mide más de 10 m de altura.
